V přírodní medicíně se používá více než 2000 let. Užívanou částí je zejména kořen a listy. Vysoký obsah flavonoidů (bajkalin, vogonin, skutellarin) regeneruje jaterní parenchym, působí protizánětlivě a tlumí průjmy. Stimuluje imunitní činnost. Aktivní látky šišáku napomáhají řešit problémy nervové soustavy. Pomáhá navodit klidný a plnohodnotný spánek. Šišák je vhodné používat při stresu, hysterii, úzkosti, depresích a nervovém vypětí. Celá řada klinických testů prokázala schopnost hojit a regenerovat kloubní chrupavku. Snižuje krevní tlak při hypertenzi. Napomáhá při celkové detoxikaci těla. Používá se také při vysokých horečkách, kašli, zvracení a silné menstruaci. Zevně se používá při popáleninách a kožních vyrážkách.
